En s’imposant face au Partizan (1-0), le Toulouse FC s’est complètement relancé dans la course à la qualification pour les seizièmes de finale. Enchaînant quelques jours plus tard sur un déplacement sur la pelouse du Stade brestois pour le premier match du mois de décembre, Strasbourg connaît un véritable « naufrage » et se trouve complètement dépassé par des hôtes réalistes qui ouvrent le score à la 21e minute grâce à Alexandre Mendy avant de faire le break durant le temps additionnel de la première période sur un but de Cristian Battocchio. 11 mars 27 Stade rennais Ext. J03 La Roche-sur-Yon VF D2-A (D2) Ext. En raison de la relégation du Racing Club de Strasbourg, la tribune est du stade de la Meinau est fermée. 13 janvier (15e et 18e journées) : Reporté en raison de la grippe H1N1, l’AS Monaco a réalisé une très belle opération en dominant largement le Montpellier HSC (4-0). L’ASM réalise une très belle opération comptable avec ce succès et remonte dans la première partie du tableau à la septième place. Sur une excellente série de trois matches victorieux, l’AJ Auxerre confirme son regain de forme en battant le LOSC, également dans une spirale positive malgré la défaite (3-2). Toulouse réalise une bonne opération en s’imposant au stade Bollaert (0-2) et enfonce le RC Lens dans la zone rouge. L’équipe de France commence la compétition par un match nul 0-0 face à la Roumanie, puis est balayée par les Pays-Bas (4-1, ce qui constitue la plus lourde défaite en compétition officielle de la France depuis 1968). Lors du troisième match, les Bleus sont notamment pénalisés par l’expulsion précoce d’Abidal, qui provoque un pénalty. Pour son entrée dans la compétition, l’OL a droit à un derby inédit face à l’AS Lyon-Duchère, pensionnaire de CFA. 31 octobre (12e journée) : dans le choc opposant les Girondins de Bordeaux et l’AS Monaco, les hommes de Laurent Blanc se sont imposés (1-0), gardant la tête de la Ligue 1. En battant le Montpellier HSC (2-1), l’AJ Auxerre enchaîne une cinquième victoire et se replace dans la course au podium.
Quant au GF38, le club s’enfonce un peu plus dans la crise avec une septième défaite d’affilée en championnat à Auxerre (2-0). Ceci constitue le record absolu du plus mauvais début de saison d’un club en Ligue 1. En effet, jamais un club n’avait commencé sa saison par une série de 7 défaites consécutives (8 si on prend en compte la défaite grenobloise en Coupe de la Ligue face à Lorient). 12-13 décembre (17e journée) : pour leur première confrontation officielle, l’Olympique de Marseille n’est pas tombé dans le piège tendu par Boulogne (2-0). Les Olympiens remontent à la deuxième place du championnat avec un match de retard. Le PSG étant champion de France en titre, pays alors à la première place du coefficient UEFA, le club démarre en phase de groupes. Une autre nouveauté a été instaurée : la première journée du championnat comportera désormais traditionnellement le match entre le champion de Ligue 1 et le champion de Ligue 2. Et enfin, les trois premières journées du championnat correspondent aux trois dernières, au lieu uniquement de la première et de la dernière auparavant. Les vœux des quatre clubs nordistes (Lille, Valenciennes, Lens et Boulogne) ont été pris en compte pour minimiser l’impact de la concurrence locale. 2 décembre (14e journée) : dans un match riche en buts, le PSG s’impose au stade de la Libération face à Boulogne (2-5). Les Parisiens accèdent à la septième place et les Boulonnais restent dans la zone rouge à la dix-neuvième place. Les trois promus en provenance de Ligue 2 sont l’Union Sportive Boulogne Côte d’Opale, le Racing Club de Lens et le Montpellier Hérault Sport Club. Les Girondins de Bordeaux mettent fin à l’invincibilité de leur dauphin à domicile (0-1), le Montpellier HSC. Le 12 mai 2013, pour la troisième fois de son histoire après les titres de 1986 et 1994, l’équipe remporte le championnat avec une victoire (0-1) contre l’OL : l’objectif premier des Qataris est rempli.
Cependant, les collectivités locales refusent de débloquer une aide exceptionnelle. L’équipe lensoise, malgré la victoire en Coupe Intertoto qui leur permet de se qualifier pour la coupe UEFA, va connaître une saison cauchemardesque, loin de ses ambitions sportives. 22-23 décembre (19e journée) : Au terme d’un match âpre, le RC Lens s’impose dans les arrêts de jeu face à l’AS Saint-Etienne malgré un formidable Janot (1-0). Le LOSC poursuit son impressionnante série en cours en disposant facilement de l’AS Nancy-Lorraine par un nouveau score fleuve (0-4). L’Olympique de Marseille se fait surprendre sur son terrain par l’AJ Auxerre (0-2). Les Phocéens sont éjectés du podium alors que le Montpellier HSC crée la surprise en s’imposant sur le terrain de l’Olympique lyonnais (1-2) désormais à 13 points du leader. Bordeaux s’est rassuré en battant à domicile Grenoble 1 but à 0. L’Olympique de Marseille s’impose sur la pelouse du Mans (1-2). Lyon prend le meilleur sur Lorient (1-0). Lille, aussi engagé dans une coupe d’Europe (Ligue Europa), s’offre sa première victoire en championnat face à Sochaux (1-0). Le Montpellier HSC confirme un très bon début de saison (1-0 à domicile face à Lens). L’AS Monaco s’impose à Nice dans le derby de la Côte d’Azur (3-1). Bordeaux est toujours en tête au classement. 16-17 décembre (Ligue Europa – 6e journée) : dans l’obligation de battre le FC Bruges pour atteindre les seizièmes de finale, le Toulouse FC s’est incliné (1-0) et termine troisième de sa poule, éliminé des compétitions européennes. 8-9 décembre (Ligue des Champions – 6e journée) : les Girondins de Bordeaux terminent sur une cinquième victoire la phase de poules au Maccabi Haïfa (0-1) tandis que l’Olympique de Marseille s’est incliné face au Real Madrid (1-3) mais se qualifie pour la Ligue Europa.
15-16 décembre (11e journée) : le Valenciennes FC et l’AJ Auxerre n’ont pu se départager (0-0) à Nungesser. 30-31 janvier (22e journée) : Dans un match au sommet, le Montpellier HSC bat à domicile l’Olympique de Marseille (2-0) et reviennent à six points des Girondins de Bordeaux accrochés par le promu boulonnais toujours 19e (0-0). Dans le derby du Nord, le LOSC a obtenu son 12e succès de la saison face au RC Lens (1-0) et reste 3e au contact de Montpellier. Grâce à un doublé de Montaño, le Montpellier HSC a dominé le Lille OSC (2-0) et reste invaincu à domicile. 6 août (Ligue Europa – 3e tour retour) : pour le match retour du troisième tour de qualification de la Ligue Europa, le LOSC s’est imposé à domicile contre Sevojno 2-0. Lille se qualifie donc pour le tour de barrages et rejoint Toulouse et Guingamp. Celui-ci, en guise de réponse, empêchera Der Zakarian de faire ses adieux à la tribune Loire en mettant le son de la sonorisation du stade au maximum lors du tour d’honneur traditionnel des joueurs et du staff après le dernier match à la Beaujoire face à Caen (ultime défaite à domicile pour les jaunes 1-2). Une attitude qui créera une vive polémique, et dont la direction démentira par la suite en être la responsable. 1er novembre (12e journée) : en remportant son deuxième succès de suite à l’extérieur sur la pelouse du Stade rennais (0-3), Valenciennes se rapproche du podium, à deux points de la troisième place.